古代文明
早年的印度文明支配著馬來西亞。從印度輸入的印度教和佛教文化,主導了早期馬來西亞的歷史。從7世紀到14世紀,在蘇門答臘的三佛齊文明達到高峰,其影響力延伸至蘇門答臘、爪哇、馬來半島和婆羅洲的大部分地區。
伊斯蘭教早在10世紀傳至馬來西亞,但直到14世紀和15世紀,三佛齊覆滅后不久,伊斯蘭教才在馬來半島奠定根基。這個地區分裂成眾多以伊斯蘭教為主的蘇丹國,其中最突出的是馬六甲蘇丹王朝。伊斯蘭文化對于馬來人產生了深遠影響,但是同時它也受到馬來民族的影響。
歐洲介入
歐洲殖民勢力的入侵改寫了馬來西亞的歷史。葡萄牙是歐洲第一個在馬來西亞建立勢力的殖民強權,于1511年占領馬六甲,緊接著是荷蘭。然而,英國先在亞庇、古晉、檳城與新加坡建立基地,最終取得在當今馬來西亞領土上的霸權。1824年英荷條約規定了英屬馬來亞和荷屬東印度群島(即后來的印度尼西亞)之間的界線。
近現代
1942年至1945年日本占領這個地區,給英國在東亞的勢力與以致命打擊。雖然日本占領的時期相當短,但是它激起了馬來亞和其它地區的反殖民民族主義。馬來人民族主義又激起了華人的反對。華人懼怕馬來人和伊斯蘭教的支配地位,許多華人因此參加馬來亞共產黨。在英國軍方的強烈鎮壓,以及馬來人和華人政治領袖的協商退讓下,共產黨暴動被撲滅,1957年多民族的馬來亞聯合邦宣告獨立。
1963年8月31日,英屬的新加坡和北婆羅洲(沙巴)宣告獨立,1963年7月22日,砂拉越宣告獨立,并與馬來亞聯邦以同等伙伴身份(即國家身份)于9月16日組成馬來西亞聯邦。隨著以華人為主導的新加坡的加盟,整個馬來西亞華人人口數量也持續增長,當時華族約占馬來西亞人口的42%,和馬來族人口的比率不相上下。后來“馬來人至上”的觀念越來越強烈,他們認為馬來族是馬來西亞或馬來亞的主人或特權者,華裔和印度裔被認為是承蒙馬來族的恩惠。馬來族精英也開始懼怕以華人占多數的新加坡會削弱他們占多數的人口比例,并主宰馬來西亞的政治及經濟環境。1965年8月8日,以巫統為首的國陣執政聯盟利用其國會優勢通過決議,將新加坡驅逐出馬來西亞。8月9日,新加坡宣布脫離馬來西亞獨立建國。