馬來西亞理工大學碩士專業涵蓋了哲學康復技術碩士、工學碩士學位(環境管理)、理學碩士生物技術、哲學巖土工程碩士學位、哲學液壓學碩士學位、哲學運輸碩士學位、科學碩士學位(安全，健康與環境)、科學信息安全碩士學位、教育碩士學位(指導與輔導)等，馬來西亞理工大學碩士學制為1.5年起。

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　　生物醫學工程與健康科學學院

　　理學碩士生物醫學工程

　　理學碩士生物技術

　　哲學生物醫學工程碩士

　　哲學康復技術碩士

　　哲學生物科學碩士

　　土木工程學院

　　工程碩士學位 (土木)

　　工程碩士學位(建筑管理)

　　工學碩士學位(環境管理)

　　工程碩士學位(巖土工程)

　　工程碩士學位(液壓與水文學)

　　工程碩士學位(結構)

　　工程碩士學位(交通運輸)

　　沿海與海洋哲學碩士學位

　　哲學建設碩士學位

　　哲學環境碩士學位

　　哲學巖土工程碩士學位

　　公路與交通哲學碩士學位

　　哲學液壓學碩士學位

　　哲學液壓與水文學碩士學位

　　哲學水文學與水資源學碩士學位

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　　化學與能源工程學院

　　氣體工程與管理碩士學位

　　石油工程碩士學位

　　理學碩士學位 能源管理)

　　理學碩士學位(草藥技術)

　　科學過程工廠管理碩士學位

　　科學碩士學位(安全，健康與環境)

　　理學碩士學位(高分子技術 )

　　哲學氣體工程碩士學位

　　哲學高分子工程碩士學位

　　哲學環境工程碩士學位

　　哲學石油工程碩士學位

　　科學信息安全碩士學位

　　計算學院

　　理學碩士學位(數據科學)

　　計算機科學碩士學位

　　哲學軟件工程碩士學位

　　哲學計算機科學碩士學位

　　電氣工程學院

　　工程碩士學位 (計算機與微電子系統)

　　工程碩士學位 (電子與電信)

　　工程碩士學位(機電和自動控制)

　　工程碩士學位 ( 電力)

　　工程碩士學位(無線通信和網絡)

　　哲學電氣工程碩士學位

　　機械工程學院

　　理學碩士學位 (先進制造技術)

　　科學工業工程碩士學位

　　機械工程理學碩士學位

　　科學材料工程碩士學位

　　理學碩士學位（船舶與海洋工程）

　　航空工程理學碩士學位

　　理學碩士學位 (汽車工程)

　　哲學機械工程碩士學位

　　海洋技術哲學碩士學位

　　教育學院

　　教育碩士學位(化學教育)

　　教育碩士學位(課程與教學)

　　教育碩士學位 (教育與發展)

　　教育學碩士學位 (教育心理學)

　　教育碩士學位 (教育技術)

　　教育碩士學位(指導與輔導)

　　教育碩士學位(管理與行政)

　　教育碩士學位(數學教育 )教育碩士學位 (測量與評估)

　　教育碩士學位 (物理教育)

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　　教育碩士學位(技術和職業教育)

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