馬來西亞前三名大學分別是馬來亞大學、馬來西亞博特拉大學、馬來西亞國民大學，這三所院校也是馬來西亞排名前三的院校，馬來亞大學世界排名70位，躋身百強，是馬來西亞唯一一所世界百強名校，其次則是馬來西亞博特拉大學世界排名123位、馬來西亞國民大學世界排名129位，這兩所院校也都躋身世界名校top150強！
1.馬來亞大學
馬來亞大學（University of Malaya），簡稱“馬大”“UM”，為世界百強名校，是馬來西亞首屈一指的公立研究型綜合大學（Public Research University），坐落于首都吉隆坡（Kuala Lumpur），是全馬歷史最悠久的高等教育學府，尤以文理學科和醫學著稱，有許多學科領域享有世界級的聲譽。作為馬來西亞規模最大和最著名的大學，馬大是亞洲大學聯盟、環太平洋大學聯盟、“21世紀海上絲綢之路”大學聯盟、英聯邦大學協會成員。
馬來亞大學的前身是1905年成立的愛德華七世國王醫學院和1929年成立的萊佛士學院，并于1949年10月8日合并成立了馬來亞大學。1956年在新加坡和吉隆坡分別設立了兩所分院。1960年，馬來西亞聯邦政府表示兩個校區將會分離并成為兩所互不隸屬的國立大學，位于吉隆坡的校區保留了馬大的名稱，而位于新加坡的校區則更名為新加坡大學。1965年，新加坡從馬來西亞獨立后，新加坡大學更名為新加坡國立大學。1973年，馬來亞大學農業系與馬來亞農業學院合并為馬來西亞農業大學（現：馬來西亞博特拉大學）。
2.馬來西亞博特拉大學
博特拉大學是一所成熟而現代的大學，擁有完善的教學設施和優秀的師資力量，致力于發展研究型教學，向國際學生提供碩士及博士以上學位課程。UPM（馬來文：Universiti Putra Malaysia）有來自世界各地的60多個國家的留學生5千余人。博特拉大學是一所在國際學術領域倍受認可的馬來西亞頂尖的國立大學，擁有十分廣泛的專業和研究方式。
UPM密切與企業界以及國內外人才發展機構合作，使學生們的學習和研究課題與社會發展密切結合在一起，使學生們有廣泛的實踐和研究機遇。博特拉大學的營養學，農業和林業專業位居馬來西亞前列遠超馬來亞大學，國立大學。
3.馬來西亞國民大學
馬來西亞國民大學（馬來文：Universiti Kebangsaan Malaysia，英文：The National University of Malaysia）簡稱國大/UKM，創辦于1970年，是馬來西亞五所研究型大學之一。2011年，學校正式批準中文官方名字為“馬來西亞國立大學”。截止2022年，中國教育部教育涉外監管信息網的名單中依然使用“馬來西亞國民大學”作為中文譯名。
馬來西亞國立大學擁有兩個校區：總校位于雪蘭莪州萬宜新鎮（Bandar Baru Bangi），距離吉隆坡市區約35公里；分校坐落在吉隆坡市區、大學醫院以及教學醫院，即馬來西亞國民大學醫療中心（PPUKM/UKMMC）則位于吉隆坡蕉賴地區。截至2016年8月，國大在校學生26961人，其中國際學生2512人，約占全體學生人數的9%。
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