馬來亞大學研究生專業設置一直是很多學生關心的熱點話題之一。在經濟與管理學院上，主要有應用統計學碩士、經濟學碩士等專業；在教育學院上，主要有兒童早期教育碩士、理學教育碩士、教育碩士等專業；在醫學院上，主要有麻醉學碩士、婦產科碩士、兒科醫學碩士、病理學碩士、公共衛生碩士、運動醫學碩士等專業。
1、商務與會計學院：工商管理碩士
2、經濟與管理學院：應用統計學碩士、經濟學碩士、公共管理碩士
3、計算機與信息科學學院：計算機科學、信息管理系統、信息技術碩士、圖書館與信息科學碩士、軟件工程碩士
4、教育學院：咨詢碩士、兒童早期教育碩士、教育碩士、教育管理碩士、教學技術碩士、數學教育碩士、理學教育碩士
5、工程學院：制造工程、電能與電力系統、通信工程、材料工程和技術、能源與熱力系統、機械工程、電子制造、安全健康與環境碩士、工業電子學與控制技術、理科工程碩士、工程學碩士（生物醫學）
6、建筑環境學院：房地產、建造、建筑學、房地產管理碩士
7、自然科學學院：應用生物學碩士、分析化學與儀表分析、除數學和理學原理外、生物信息、數學、石油地質學、理學原理及科技政策研究、應用物理學、理學原理與政策、統計學、環境管理碩士、材料科學碩士
8、牙科醫學院：臨床牙科碩士、牙科碩士、牙科手術碩士、牙科矯正、公共衛生碩士（口腔健康）、理學碩士（口腔衛生）
9、醫學院：麻醉學碩士、臨床腫瘤學碩士、急診醫學碩士、家庭醫學碩士、內科醫學碩士、醫學物理學碩士、醫學科學碩士、臨床病理學領域醫學科學碩士（法醫病理學）、公共健康領域醫學科學碩士、婦產科碩士、眼科碩士、整形外科手術碩士、兒科醫學碩士、病理學碩士、心理學碩士、公共健康碩士、放射醫學碩士、康復醫學碩士、運動醫學碩士、外科手術、耳鼻喉學碩士、兒科手術碩士、組織病理學、醫學微生物學、血液病學、公共衛生碩士（醫院管理）、公共衛生碩士（流行病學）、公共衛生碩士（家庭保健）、公共衛生碩士（職業健康）、公共衛生碩士（衛生服務管理)、護理學碩士、醫學博士
10、文學與社會科學學院：文學碩士（英國文學）、文學碩士（馬來西亞歷史）、文學碩士（東南亞歷史）、文學碩士（出版研究)、文學碩士（文明研究）、文學碩士（戰略和防御）、文學碩士
11、語言學院：英語作為第二語言的研究、語言學碩士、現代語言研究碩士
12、文化中心：文學碩士（表演藝術）-戲劇/音樂/舞蹈、文學碩士（視覺藝術）
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