目前廈門大學馬來西亞分校除了開設了本科課程，也開設了碩士課程，廈門大學馬來西亞分校碩士專業涵蓋了：傳播與文化碩士、海洋生物科技理學碩士、新能源科學與工程碩士、中國研究文學碩士等，專業不同，研究方向也不同，在申請條件肯定是會有所差異，作為廈門大學的直屬校區，廈門大學馬來西亞分校所授學位得到中國和馬來西亞兩國教育部的認證，文憑含金量高！
廈門大學馬來西亞分校碩士專業
廈門大學馬來西亞分校于2013年9月獲中華人民共和國教育部批準建設。這是第一所中國名校全資設立的、具有獨立校園的海外分校，也是第一所在馬來西亞設立的中國大學分校，被譽為“一帶一路”上的璀璨明珠。根據馬來西亞高等教育相關法律，廈門大學馬來西亞分校在當地注冊為私立大學。
廈門大學馬來西亞分校位于馬來西亞首都吉隆坡南郊雪蘭莪州雪邦沙叻丁宜，占地約900畝，距離馬來西亞吉隆坡國際機場約15公里，距離馬來西亞國家行政中心布城約20公里，距離吉隆坡市中心（雙子塔）約45公里。2016年2月，廈門大學馬來西亞分校首批招生，目前在校學生6200余名。該校碩士專業如下：
傳播與文化碩士、海洋生物科技理學碩士、新能源科學與工程碩士、中國研究文學碩士、數學和應用數學理學碩士、工商管理碩士
廈門大學馬來西亞分校碩士優勢
馬來西亞文化多元，具有開放、包容精神。除廈門大學在馬來西亞開設的分校，在馬來西亞也有許多設校辦學的國外知名高校。馬方希望成為東南亞的教育中心，也希望有中國高校能夠入駐馬來西亞，馬來西亞政府對廈門大學在該國辦學十分支持。
馬來西亞愛國華僑陳嘉庚先生于90多年前創辦的廈門大學，與東南亞國家聯系密切，與馬來西亞更有一種天然的聯系。廈門大學已經同馬來西亞最高學府馬來亞大學建成姐妹校。
馬來西亞國內現有600多萬名華僑華人，占馬來西亞總人口的四分之一，其中近半數來自中國福建省。同時，馬來西亞也是東盟各國華文教育開展最好的國家，完整保留了從小學到高中的華文教育體系。廈大在馬辦分校對提升華文教育有極大裨益，受到當地華人華僑的普遍歡迎。
朱崇實說，這里既有歷史的淵源，也有現實的考量。廈門大學由馬來西亞愛國僑領陳嘉庚先生于1921年創辦，“馬來亞這塊美麗的土地哺育了陳嘉庚，成就了陳嘉庚。90多年之后，廈大回到嘉庚先生成長的馬來西亞創辦分校，這是一個歷史的回饋，是對陳嘉庚、對馬來亞的一種感恩”。
廈門大學具有很強競爭優勢，一些實用性較強的學科，如經濟、管理、法學、化學、海洋學、中醫、中文等，已被證明受到外國學生歡迎，相信這些學科非常適合東南亞國家學生。
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